Fakturą zaliczkową jest specyficzny rodzaj faktury, który sporządza się w przypadku dokonania zaliczki, zadatku, przedpłaty albo raty, po wpłaceniu kwoty za powyższe. Rachunku takiego nie należy wystawiać później jak do siódmego dnia od dokonania częściowej wpłaty. Za każdą kolejną częścią zapłaty, do 7 dni po, powinna pójść również faktura potwierdzająca umowę kupna-sprzedaży, nawet jeżeli towar nie był wydany (albo usługa wykonana).

Niniejszy rodzaj faktury winien składać się z:

• Wysokość kwoty części albo całej należności brutto,
• NIP-y obu stron,
• Informacje odnoszące się do kupionego asortymentu albo usługi (podatek, wartość, nazwa, kwota, ilość),,
• Danych o nabywcy oraz zbywającym (imiona, nazwy firm, nazwiska, adresy siedziby firm),
• Jeżeli wystawione były wcześniejsze faktury zaliczkowe, trzeba wyszczególnić ich daty oraz numery a także sumę wszystkich dotychczasowych wpłat częściowych, wyrażonych brutto,
• Wielkości należnego podatku oraz jej kwoty (wyrażonej w złotówkach),
• Datę sporządzenia oraz numer rachunku,
• Symbolu rodzaju rachunku (np. faktura VAT-MP)
• Czas odebrania części albo całości należności, jeżeli nie pokrywa się ona z datą sporządzenia rachunku.

Jeżeli zdarzy się taki przypadek, że faktury zaliczkowe nie będą obejmować całościowej kwoty brutto, wtedy sprzedawca wystawia fakturę na zasadach ogólnych, po oddaniu asortymentu lub wykonaniu usługi. Koszt asortymentu lub świadczenia pomniejsza się mimo to o wcześniejsze wpłaty częściowych należności, tak jak i wielkość naliczonego podatku musi zostać zmniejszona o uprzednio naliczony, częściowy podatek z faktur zaliczkowych. Faktura ta powinna zawierać też numery poprzednich faktur zaliczkowych.

Jeśli natomiast okaże się, że faktury zaliczkowe uwzględniały całą cenę brutto, sprzedawca nie sporządza rachunku po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi.