Każdy urząd skarbowy w Polsce swoją strukturę organizacyjną uregulowaną ma w Polsce swoją strukturę organizacyjną mają] uregulowaną indywidualnymi rozporządzeniami, ustanowionymi przez naczelnika danego urzędu. Rozporządzenia te wchodzą w skład regulaminu organizacyjnego.
Ze względu na wielkość koordynowanego przez siebie terytorium, urząd skarbowy składa się z różnej wielkości działów, wieloosobowych stanowisk, samodzielnych referatów, referatów , a także samodzielnych stanowisk. Dla przykładu, struktura organizacyjna Urzędu Skarbowego w Nysie, składa się z:
- działu rachunkowości podatkowej
- wieloosobowego stanowiska spraw karnych skarbowych
- działu podatku dochodowego od osób fizycznych nie prowadzących działalności gospodarczej
- samodzielnego stanowiska ochrony informacji niejawnych
- samodzielnego stanowiska obsługi prawnej
- samodzielnego referat ds. pomocy publicznej i ulg
- działu podatku dochodowego od osób prawnych i fizycznych prowadzących działalność gospodarczą
- samodzielnego referatu podatków majątkowych i opłat
- działu egzekucyjnego
- działu kontroli podatkowej
- działu podatków pośrednich
- wieloosobowego stanowiska rachunkowości budżetowej
- samodzielnego stanowiska informatyki
- samodzielnego referatu ewidencji i identyfikacji podatników
- samodzielnego stanowiska kadr i szkolenia
- samodzielnego referatu spraw ogólnych
Zadania urzędu skarbowego
Bez względu na ilość działów i referatów, do obowiązków każdego urzędu skarbowego należy:
- wykonywanie kontroli podatkowej
- orzecznictwo w pierwszej instancji w sprawach karnych skarbowych
- podział i przekazywanie, na zasadach określonych w oddzielnych przepisach, dochodów budżetowych między budżetem państwa i budżetami gmin
- wykonywanie zadań określonych odrębnymi przepisami
- rejestrowanie podatników oraz przyjmowanie deklaracji podatkowych
- ustalenie i pobór podatków oraz niepodatkowych należności budżetowych
- wykonywanie kar majątkowych, w zakresie określonym w przepisach Kodeksu Karnego Wykonawczego oraz Kodeksu Karnego Skarbowego
- współpraca z Szefem Krajowego Centrum Informacji Kryminalnych w zakresie niezbędnym do realizacji jego zadań ustawowych
- wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych oraz kar w zakresie określonym w Kodeksie Karnym Wykonawczym
- wykonywanie funkcji oskarżyciela publicznego w sprawach o przestępstwa skarbowe oraz wykroczenia skarbowe
- wykonywanie egzekucji administracyjnej należności pieniężnych
- prowadzenie dochodzeń w sprawach o przestępstwa skarbowe i wykroczenia skarbowe
Hierarchia aparatu skarbowego
Na czele wszystkich urzędów skarbowych stoją naczelnicy, których powołuje, w drodze konkursu, minister finansów. Natomiast, bezpośredni nadzór nad urzędem skarbowym ma izba skarbowa. To na wniosek dyrektora tej izby, minister finansów odwołuje z funkcji naczelnika, nienależycie wykonującego swoje obowiązki.